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生物信息分析

作者:admin   发布时间:2019-04-26 15:00   点击次数:
1.蛋白质组定量分析:
定量蛋白质组学是一种用来检测样品中蛋白相对/绝对含量的分析化学技术,而质谱则是实现该技术依赖的一个重要手段。基于质谱的蛋白质组学主要分为两大类,即标记定量和非标记定量。其中,标记定量常用的是iTRAQ和TMT两种试剂盒,其均是利用质谱检测报告离子的信号相应强度来对蛋白进行相对定量的。而非标记定量的原理则是对被检测到的离子峰强度进行积分,以积分面积进行相对定量的。近几年备受关注的数据非依赖采集(Data Independent Acquisition)方式则是传统非标记定量的升级版,能够扫描到更全面地碎片信息,不会造成低丰度蛋白的丢失。

2.蛋白质组定性分析:
蛋白质纯定性分析实验主要是利用液质联用仪对酶解后的肽段进行检测,然后与对应物种的蛋白序列库进行比对,得到该样品中存在哪些蛋白,以及这些蛋白的肽段序列、等电点等信息。
此类服务主要包括以下内容:
   蛋白样品/胶条/IP蛋白产物等形式的样品处理(蛋白酶解、除盐等)
质谱检测
数据库检索
检索结果及数据报告


3.靶向蛋白学:
靶向蛋白质组学针对性地分析复杂样品中的特定肽段,既可以判断肽段或蛋白在样品中的有无(前提是信号高于检测限),又可以对不同样品种的肽段或蛋白进行定量,用于表达差异比较。靶向蛋白质组学可以看做是新一代基于质谱的western blot技术,但是比传统的WB更准确,且不需要抗体。我们一般是基于Orbitrap质谱仪进行分析。
 该方法的采集目标是由目标蛋白酶解得到的肽段,因此选取目标肽段和合适的采集方法很重要。如果您有意向做靶向蛋白质组学但是又不了解该如何做,请详询我们的技术支持。

4. 修饰蛋白质组学
翻译后修饰是指由于共价键作用或者某些酶的催化,蛋白质在侧链或者某些位点发生的基团修饰,这些修饰可以发生在mRNA的翻译过程中,而且可以使得蛋白质具备相应的功能。蛋白质翻译后修饰主要包括乙酰化、磷酸化、泛素化等,它们在细胞信号转导等生物过程中起到非常重要的作用。

5.GC-MS全代谢组
全代谢组又称非靶向代谢组(Untargeted metabolomics),对样本进行全面的、无侧重的检测,通过比较实验组和对照组样本,找出差异代谢产物,结合生物信息分析,找出富集差异通路,整合代谢网络。全代谢组旨在提供一个全面的研究视角来比较差异,通常用于标志物的筛选、分子机制研究及多组学整合分析。

6. LC-MS全代谢组
全代谢组又称非靶向代谢组(Untargeted metabolomics),对样本进行全面的、无侧重的检测,通过比较实验组和对照组样本,找出差异代谢产物,结合生物信息分析,找出富集差异通路,整合代谢网络。全代谢组旨在提供一个全面的研究视角来比较差异,通常用于标志物的筛选、分子机制研究及多组学整合分析。

7. 靶向代谢组
靶向代谢组学(Targeted metabolomics)是对目标明确的代谢产物在样品中的绝对含量进行检测。相对于全代谢组分析,靶向代谢组具有特异性强,检测灵敏度高和定量准确等特点。一方面,靶向代谢组作为全代谢组的延伸,可为后续代谢分子标志物的深入研究和开发利用提供有力支持;另一方面,通过对某类代谢物准确定量分析也可以结合其它实验数据揭示相关的分子生物学作用机制。

8. 脂质组学
脂质是自然界中存在的一大类极易溶解于有机溶剂、在化学成分及结构上非均一的化合物,主要包括脂肪酸及其天然发生的衍生物,以及与其生物合成和功能相关的化合物。脂质组学是代谢组学的一个分支,一般认为脂质组学是研究生物体内所有脂质分子的特性,以及它们在蛋白表达和基因调控过程中作用的学科。目前已建立的脂质组学分析方法较多,较先进的软电离质谱(ESI-MS)能对脂质分子进行定性和定量分析,已成为脂质组学强有力的工具。

9.蛋白代谢学整合分析
蛋白组是某种生物所能表达的所有蛋白质,蛋白质是生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用,是生命活动执行者。
 代谢组是指某个时间点上一个细胞所有代谢物的集合,尤其指在不同代谢过程中充当底物和产物的小分子物质,如脂质,糖,氨基酸等,可以解释取样时该细胞的生理状态。

10.多层组学联合分析
蛋白组是某种生物所能表达的所有蛋白质,蛋白质是生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用,是生命活动执行者。
代谢组是指某个时间点上一个细胞所有代谢物的集合,尤其指在不同代谢过程中充当底物和产物的小分子物质,如脂质,糖,氨基酸等,可以解释取样时该细胞的生理状态。
 
转录组是在特定时间所需生物信息,编码蛋白质的基因衍生而来的 RNA 分子的集合。狭义讲是所有 mRNA 的集合, 它是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控的规律。
简而言之,转录组就是从 RNA 水平研究基因表达的情况, 是研究细胞表型和功能的一个重要手段;而代谢组中的代谢物是通过翻译这些组成转录组的 mRNA 分子而合成后表达产生的。

11.转录组学+代谢组学
 转录组是在特定时间所需生物信息,编码蛋白质的基因衍生而来的 RNA 分子的集合。狭义讲是所有 mRNA 的集合, 它是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控的规律。简而言之,转录组就是从 RNA 水平研究基因表达的情况, 是研究细胞表型和功能的一个重要手段。而代谢组中的代谢物是通过翻译这些组成转录组的 mRNA 分子而合成后表达产生的。
      代谢组(metabolome)是指某个时间点上一细胞所有代谢物的集合,尤其指在不同代谢过程中充当底物和产的小分子物质,如脂质, 糖, 氨基酸等, 可以揭示取样时该细胞的生理状态,人类有上万亿个不同类型的细胞, 它们具有潜在不同的组织细胞代谢组。基因和蛋白质是为细胞发生活动做准备, 而活动中大部分实际上是发生在代谢物上,像信号转导、能量转移、细胞间通信都受代谢物调控。代谢物行为更为密切地反映出细胞所处的环境, 该环境依赖于细胞所摄取的营养状况,所接触的药物和污染物以及其他影响细胞健康的外在因子情况。

12.转录组学+蛋白组学
转录组是在特定时间所需生物信息,编码蛋白质的基因衍生而来的 RNA 分子的集合。狭义讲是所有 mRNA 的集合, 它是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控的规律。简而言之,转录组就是从 RNA 水平研究基因表达的情况, 是研究细胞表型和功能的一个重要手段。而代谢组中的代谢物是通过翻译这些组成转录组的 mRNA 分子而合成后表达产生的。
蛋白组是某种生物所能表达的所有蛋白质,蛋白质是生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。是生命活动执行者。
转录组学告诉人们细胞中可能发生的行为,蛋白质组学告诉人们细胞中正在发生的行为,而代谢组学是研究生物样品中的代谢物谱的变化规律,告诉人们细胞中行为发生以后的状况。因此,整合研究转录组和代谢组的表达具有重要意义。

13. 生物信息学分析
生物信息学是一门随着生物学的发展特别是系统生物学的发展而发展的科学,为后基因组时代的研究提供了更快、更新、更准确的研究手段;为后续的深入研究提供了方向,同时也是取得有说服力的研究成果的关键因素之一。